In de periode van zondag 9 en woensdag 13 november 2014 zijn bij het IJburg College ’s nachts twee inbraken geweest. Hierbij zijn diverse goederen gestolen. De ICT-afdeling van de school is gesloten, nadat er deze week werd ingebroken. De zaak is in onderzoek bij de recherche. Er worden camerabeelden onderzocht. Er zijn nog geen aanhoudingen verricht.
Op zaterdag 8 november opende Het Parool met een ernstige afpersingszaak op het IJburg College, waarbij leerlingen en niet-leerlingen medescholieren gedurende een jaar lang hebben afgeperst, bedreigd en mishandeld. Op woensdag 5 november zijn er vijf personen aangehouden. Het Parool meldt dat deze inmiddels zijn heengezonden. Navraag leert dat zowel de daders en de slachtoffers van IJburg komen. Leerlingen geven aan dat een van de slachtoffers is ondergedoken.
In 2013 speelden er mishandelingspraktijken op het IJburg College. Het Parool meldt dat de gemeente Amsterdam een onderzoek naar de ernstige misstanden heeft aangekondigd.